Nel corso della sua plurisecolare esistenza l’Ateneo di Cracovia ha avuto diverse denominazioni: Studium Generale, Akademia Krakowska, Szkoła Główna Koronna e infine Uniwersytet Jagielloński. Le sue aule sono state calcate da numerosi scienziati, umanisti, futuri re di Polonia (tra gli studenti più famosi ci sono Niccolò Copernico e re Giovanni III Sobieski). Di anno in anno l’Università di Cracovia e quella di Varsavia si inseguono senza tregua per conquistare la vetta del podio come migliore università in Polonia, e quando l’una è prima, l’altra è di solito puntualmente seconda e viceversa.
A fondare l’Ateneo cracoviano fu il re Casimiro III, detto il Grande, nel 1364, non prima di aver ricevuto l’assenso di papa Urbano V. Questa data di fondazione fa dell’Università di Cracovia la seconda più antica dell’Europa Orientale dopo l’Università Carolina di Praga (1348). Tre anni più tardi lo Studium era pronto per accogliere i suoi primi studenti, offrendo lezioni di arti liberali, medicina e diritto (il pontefice non aveva acconsentito all’apertura di una facoltà di teologia). La prima sede dell’istituto fu il Castello Reale del Wawel, giacché Casimiro amava circondarsi di intellettuali. Alla morte del re nel 1370, il suo successore Luigi d’Angiò, già sovrano di Croazia e Ungheria, non si curò molto dell’Università di Cracovia, che immancabilmente cadde in disgrazia, negletta nei successivi 30 anni.
La sua resurrezione avvenne nell’anno 1400, quando re Ladislao Jagellone e la regina Jadwiga decretarono che l’istituto fosse ripristinato. Jadwiga donò a tale scopo una parte delle sue ricchezze. E’ per questo motivo che ancora oggi l’Università porta il nome di Jagellonica: venne fondata dall’ultimo sovrano della dinastia medievale dei Piast, ma poi rianimata dal primo della nuova dinastia lituana degli Jagelloni. Questa volta venne inclusa anche una facoltà di teologia e l’Università di Parigi venne presa a pietra di paragone. Molto presto i dotti di Cracovia divennero noti in tutto il continente come esperti di diritto civile e canonico. Nella seconda metà del Quattrocento vennero annoverati tra i membri dell’Ateneo anche matematici, alchimisti e astronomi. Era ancora lontano il tempo in cui sarebbe stato consentito alle donne di studiare all’università, ma c’è una singolare eccezione. Nawojka, figlia del rettore della scuola parrocchiale di Gniezno, riuscì a completare gli studi travestendosi da uomo. Si narra che quando venne scoperta scappò in un convento e si fece suora per evitare di essere bruciata al rogo.
Il Cinquecento fu un secolo di declino per l’Università. Se è vero che questo è un secolo di apogeo culturale e politico per la Polonia, quello in cui i semi della cultura umanistica germogliarono e poi fiorirono, è altrettanto vero che l’ambiente accademico cracoviano si chiuse in un impermeabile anacronismo di fronte alle nuove correnti portate dalla Riforma. Soltanto nel Settecento l’istituto fu salvato da una relegazione ai margini della vita culturale polacca ed europea per opera di Hugo Kołłątaj, che lo riformò. Come lingua dell’insegnamento il polacco soppiantò il latino; lezioni di scienza e letteratura polacca furono introdotte; infine l’Università assunse il nome di Szkoła Główna Koronna (Scuola Principale della Corona). Il suo ruolo fu comunque ridimensionato dalle spartizioni.
Le sorti dell’Università Jagellonica (nome con cui divenne definitivamente nota dal 1817) si risollevarono nella seconda metà dell’Ottocento. Cracovia rientrava nello zabór di competenza austriaca, in cui i polacchi non soffrivano di un’oppressione analoga a quella sopportata da chi abitava nello zabór russo, né dovevano fare i conti con la colonizzazione economica tedesca dello zabór prussiano e con il Kulturkampf bismarckiano. A Cracovia si poteva respirare un’aria di maggiore autonomia che coinvolgeva anche il sistema educativo. E’ in questo periodo che ossigeno e azoto vennero liquefatti per la prima volta nella storia dai professori Wróblewski e Olszewski. L’Ateneo prosperò fino allo scoppio della seconda guerra mondiale: i nazisti lo chiusero e arrestarono la maggioranza dei professori, una parte dei quali fu uccisa. Le cose non migliorarono dopo la fine della guerra: il tentativo di riaprire l’Università venne frustrato dal regime comunista. Soltanto il disgelo politico del 1956 permise all’istituto di tornare a operare.